UPA-Uce Extremadura está estructurada en organizaciones territoriales con el objeto de alcanzar el mejor cumplimiento de sus fines, prestar una atención suficiente y especializada a todos los afiliados y aplicar las resoluciones y directrices de sus órganos representativos garantizando la realización efectiva del principio de solidaridad.

La estructura territorial de UPA-UCE Extremadura se establece en los ámbitos comarcal y local. UPA-UCE Extremadura federa a las organizaciones territoriales comarcales, y éstas a su vez, agrupan a las organizaciones territoriales locales.